Um Synapsen von älteren Versionen auf die derzeit aktuelle Version zu aktualisieren, müssen Sie zunächst die Datei updateSynapsen.jar (ca. 19 MB, zum Start der Übertragung müssen Sie evtl. die SHIFT-Taste gedrückt halten!) auf Ihre Festplatte kopieren und dann mit einem (Doppel-)Klick starten.
Achten Sie beim Abspeichern der Datei auf Ihrem System darauf, daß die Dateiendung nicht verändert wird, also z.B. an updateSynapsen.jar keine weitere Endung wie ".zip" o.ä. angehängt wird. Sollte sich das Programm trotzdem nicht durch einen (Doppel-)Klick starten lassen, öffnen Sie ein Terminalfenster / eine Kommandozeile und geben einfach ein:
java -jar ./updateSynapsen.jar
Falls das Java-Programm nicht gefunden werden kann, geben Sie noch den expliziten Pfad zur Java Virtual Machine (JVM) an, also etwa durch
C:\Programme\Java\jdk1.6.0\bin\java -jar updateSynapsen.jar
Folgen Sie daraufhin den Schritten des Installationsprogramms. Sie können das Programm auch dazu verwenden, um Synapsen in der englischen Version zu installieren. Wählen Sie dazu einfach die gewünschte Sprache beim Start des Installationsprogramms aus.
Achtung, wichtiger Hinweis für Windows Vista-Nutzer: Bevor Sie Synapsen installieren oder aktualisieren, wird es dringend empfohlen, die Benutzerkontrollsteuerung (UAC) auszuschalten, da die Installationsroutine ansonsten nicht richtig installieren kann. Falls Sie die UAC nicht ausschalten möchten, stellen Sie sicher, daß Sie sowohl die Installation als auch das Synapsen-Programm selbst stets mit Administrationsrechten ausführen!

Seit im Oktober 1999 die Version 1.0 von Synapsen erschienen ist, wurde das Programm kontinuierlich weiterentwickelt. Die aktuelle Version 3.9 datiert vom 06.10.2011.
Im Frühjahr 2012 wird dann endlich mit Version 4.0 und zahlreichen Neuerungen (inkl. Zeitleiste, MindMap, Personenzettel) des Programms zu rechnen sein.